La provenance du coronavirus de #Wuhan serpens, chauve souris, civet ?

L'apparition en Chine d'une épidémie de pneumonie causée par un coronavirus (2019-nCoV) est un défi pour les virologues, qui se sont lancés dans une course contre la montre pour obtenir plus de données sur la séquence génétique, l'épidémiologie et la propagation du pathogène.

La question la plus urgente est de déterminer comment elle se propage. La surveillance en temps réel de la vitesse à laquelle de nouveaux cas apparaissent, ainsi que le début des symptômes pour chacun d'eux, sont les signaux qui indiquent aux experts la facilité avec laquelle le virus peut circuler parmi les humains et si l'épidémie a le potentiel de persister.

Chaque virus a une méthode de transmission différente. 

Parmi ceux-ci figurent des vecteurs de transmission, qui sont d'autres organismes qui les transmettent entre porteurs. Les virus animaux sont généralement transmis par des vertébrés aux vertébrés et notamment par des insectes hématophages.

Les coronavirus sont une famille de 39 virus. Certains provoquent des maladies chez l'homme, tandis que d'autres infectent des animaux tels que les camélidés (MERS), les félins et les chauves-souris (SRAS).

Dans des cas rares, les coronavirus des animaux peuvent évoluer pour infecter des personnes puis se propager les uns aux autres par transmission aérienne (éternuements, postillons, ou toux). Ils peuvent également être transmis par des objets ou des substances récemment contaminés, comme le virus de la grippe et le MERS, dont la voie d'infection était probablement l'ingestion de lait frais provenant de camélidés fraîchement traites.

Bien que de nombreux détails sur le nCoV 2019 soient encore inconnus, une déclaration de l'OMS suggère qu'un animal est la principale source de cette nouvelle épidémie. Malgré cela, la Commission nationale de la santé de Chine a confirmé que certains cas ont été causés par une transmission directe entre humains (comme cela s'est produit avec ses deux prédécesseurs), mais on ne sait toujours pas si c'est la norme.

D'où vient le virus?

Les experts partent de l'hypothèse que le virus provient d'un ou de plusieurs animaux non identifiés, puis s'est propagé à l'homme sur un grand marché des produits locaux à Wuhan.

Dans ce marché des produits locaux alimentaires, (qui désormais fermé), les animaux sauvages sont vendus pour être consommés comme par exemple les serpents. Dans un article publié par des virologues chinois le 22 janvier, les premiers animaux désignés comme sources primaires ont été précisément ces reptiles.

L'étude a analysé la séquence génétique du nouveau virus et l'a comparée aux séquences génétiques de plus de deux cents autres coronavirus dans le monde qui infectent plusieurs animaux. Ils ont considéré plusieurs hôtes potentiels tels que les marmottes, les pangolins hérissons, les chauves-souris, les oiseaux, les humains et les serpents.

Ils ont conclu que le 2019-nCoV pouvait utiliser deux serpents communs en tant que résidents du sud-est de la Chine, le kib pluribanda (Bungarus multicinctus) ou le cobra chinois Naja atra, tous deux commercialisés et vendus sur le marché alimentaire de Wujan.

Le cobra chinois, l'une des premières espèces suspectées d'être porteuses du nouveau coronavirus.

Cependant, cette théorie semble aujourd'hui rejetée. D'autres scientifiques affirment qu'il n'y a aucune preuve que ces coronavirus peuvent infecter des espèces autres que les mammifères. L'arrière-plan les soutient.

Fin 2002, des cas de pneumonie ont commencé à apparaître dans le Guangdong, dans le sud-est de la Chine. La maladie, appelée SRAS, a déclenché une urgence mondiale lorsqu'elle s'est répandue dans le monde en 2003. Des milliers de personnes ont été infectées.

Des scientifiques chinois ont identifié une souche de coronavirus comme un possible coupable et ont trouvé des virus génétiquement similaires dans des civettes de palmier (Paguma larvata), des mammifères similaires à nos genettes qui étaient vendus sur les marchés d'approvisionnement du Guangdong.

Paguma, une espèce de civette porteuse du virus du SRAS.

Plus tard, en explorant l'intérieur des grottes, les chasseurs de virus ont trouvé un grand nombre de coronavirus liés au SRAS dans les chauves-souris en fer à cheval Rhinolophus sinicus, ce qui suggère que la souche est probablement originaire de ces mammifères et est ensuite passée aux civettes avant d'atteindre les humains

C'est pourquoi les virologues français et leur collègues de l'Institut Pasteur de Shanghai qui, en 2017, ont identifié des virus liés au SRAS chez les chauves-souris des grottes sont clairs.

Les virus du SRAS et 2019-nCoV font partie d'un sous-groupe de quatre virus connus sous le nom de bétacoronavirus. Les travaux sur le terrain effectués à la suite de l’apparition du SRAS en 2002-2003 par ces virologues et d’autres n’ont détecté ce type de virus que chez les mammifères.

Que nous dit le génome du virus?

Le séquençage génétique du coronavirus de Wuhan offre des indices sur ses origines et sa propagation. Une analyse phylogénétique de onze de ces souches publiée le 20 janvier a montré peu de diversité génétique entre elles. Cela suggère que l'ancêtre commun des différentes souches de 2019-nCoV trouvées chez l'homme est apparu en novembre ou décembre (lorsque les premiers cas sont apparus) et a été détecté rapidement, sans subir de nombreuses altérations. Cependant, les génomes n'indiquent pas encore si l'expansion rapide du virus qui s'est produite chez l'homme ou dans un réservoir d’animal intermédiaire.

Les données disponibles ne permettent pas de déterminer si l'ancêtre récent le plus courant des cas échantillonnés se trouvait chez un humain ou un animal. Pour l'instant, les données phylogénétiques suggèrent que le saut des animaux s'est produit peu de temps avant les premiers cas identifiés chez l'homme. Si plusieurs sauts zoonotiques se produisaient, ils ne provenaient pas d'un réservoir de virus génétiquement diversifié.

Cela suggère que le virus a été récemment établi à la source non humaine ou que les premiers patients humains ont été exposés à une source animale dont la population de virus était génétiquement limitée. Cela pourrait être le cas si un ou plusieurs animaux infectés avaient été emmenés à Wuhan depuis un autre endroit.

Avec plus de séquences virales, il serait possible de savoir si la plupart des cas sont causés par la propagation répétée du virus des animaux aux humains, avec une transmission limitée d'une personne à l'autre ; ou si, au contraire, le virus se propage à un petit nombre d’êtres humains et que la plupart des cas sont causés par une transmission secondaire directe d’humain à humain.

Découvrir est le grand objectif épidémiologique dans ces moments déroutants où la mondialisation des communications joue en faveur d'une éventuelle transmission humaine directe et généralisée.

En collaboration avec Manuel Peinado Lorca, Catedrático de Universidad. Departamento de Ciencias de la Vida e Investigador del Instituto Franklin de Estudios Norteamericanos, Universidad de Alcalá (Université Scientifique espagnole située à 30 Kms de Madrid Espagne). 

MANUEL PEINADO LORCA (GRENADE, 1953)
Professeur à l’Université de biologie végétale d’Alcalá. Diplômé en sciences biologiques de l’Université de Grenade et docteur en biologie de l’Université Complutense de Madrid. À l’Université d’Alcalá, il a été secrétaire général, secrétaire du Conseil social, vice-recteur de recherche et directeur du département de biologie végétale. Il est actuellement directeur de la chaire de l’environnement de la Fondation générale de l’Université d’Alcalá. Source :Université d’Alcalá The Conversation https://theconversation.com/institutions/universidad-de-alcala-3495

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